このリーグは全国で唯一トーナメント方式で神宮大会の切符を争っています。北部ブロックと南部ブロックにわかれており、北部ブロックは福岡、佐賀、長崎、大分県の大学が1部と2部に分かれてリーグ戦を行っています。そして、熊大が所属している南部ブロックは、まず、熊本、鹿児島、宮崎、沖縄の大学が各県でリーグ戦を行い、上位2チームが南九州ブロック大会に進みます。春季はこの大会で優勝すると神宮への出場権が与えらえれます。秋季は南九州ブロックの上位2チームが北部ブロックのリーグ戦上位2チームとユニバーシアード大会への出場権をかけて試合をします。ユニバーシアード大会は九州六大学連盟と福岡六大学野球連盟の成績上位チームも参加する大会です。この大会の覇者が秋季の明治神宮野球大会への出場権を手にします。